În 1782 Hahnemann se căsătoreşte cu Johanna Kuchler, fiica unui famacist. Un an mai târziu, se naşte primul lor copil. În 1785, la Dresden, abandonează complet practica medicală şi se ocupă numai de traduceri. Îşi continuă însă cercetările în domeniul chimiei şi publică o lucrare în care vorbeşte de recunoaşterea vinului contrafăcut cu plumb. Într-o scrisoare adresată unui prieten Hahnemann spunea:

 
"Era o tortură pentru mine să înaintez mereu în obscuritate atunci când aveam de tratat un bolnav şi să prescriu, conform uneia sau altei ipoteze medicale, substanţe care nu-şi aveau locul în materia medica decât graţie unor teorii arbitrare... Astfel, după căsătoria mea, am renunţat la practica medicinei pentru a nu mai risca vătămarea oamenilor şi m-am orientat exclusiv către chimie şi lucrările de literatură (dar am devenit tată şi boli grave ameninţau viaţa copiilor mei mult-iubiţi)... "

Cu altă ocazie Hahnemann scria:

 
"Medicina ca o artă de a salva viaţa şi a restaura sănătatea este, în starea sa actuală, complet nesatisfăcătoare; în cele mai abile mâini ea este sterilă şi incapabilă să îndeplinească promisiunile teoriilor sale. Eu consider că medicina, aparent înalt ştiinţifică în teoriile sale, este în practică mai mult decât o aplicare empirică şi de rutină a măsurilor terapeutice despre care nu ştim nici efectele sigure, nici legile care determină alegerea lor. Nu voi rămâne în continuare ataşat de o artă pe care înţelegerea şi conştiinţa mea o condamnă ca insuficientă şi dăunătoare."

Patru ani mai târziu se mută în Leipzig; familia sa avea număra 6 membri şi se confrunta cu mari probleme financiare, unul din motivele pentru care, între anii 1789-1805, călătoreşte prin multe locuri din Germania de est. Deşi Hahnemann renunţase să practice medicina avea multe idei în acest domeniu. Teoriile medicale ale timpului erau bazate pe simple analogii mecanice şi hidraulice în vederea explicării fiziologiei umane iar bolile erau clasificate în termeni de tonicitate-relaxare conform teoriei "dinamismului organic" a lui Hoffman. Stahl vorbea despre teoria animistă conform căreia sufletul vital este cel care menţine sănătatea.

Teoria vitalistă introdusă de reprezentanţii şcolii de la Montpellier considera că organismul posedă o "forţă vitală", o energie specific umană responsabilă de toate activităţile fiziologice din corp. Astfel de teorii ale sec. XVIII nu au reuşit însă să promoveze nişte metode terapeutice eficiente iar cantităţile mari de droguri folosite, frecvent în amestecuri, purgaţia excesivă, sângerarea nu ofereau alinare pacienţilor. Hahnemann era împotriva acestor metode şi în lipsa unor mijloace corespunzătoare de tratament el recomanda o alimentaţie echilibrată, exerciţiile fizice şi aerul curat. A combătut de asemenea metodele brutale de tratare a bolnavilor psihici recomandând blândeţea şi răbdarea. În 1792 are ocazia să pună în practică aceste idei, la Georgenthal, unde este invitat de ducele Ernst von Sachsen-Gotha care-i pune la dispoziţie o parte dintr-un castel pentru a organiza un azil. Doar un singur pacient a beneficiat de ajutorul său, un ministru pe nume Klockenbring. Despre tratamentul folosit nu se cunosc date. Pacientul a fost recuperat temporar dar 2 ani mai târziu a făcut o recădere şi a murit. În cele din urma Hahnemann a plecat, probabil în urma unor neînţelegeri cu ducele, nereuşind decât să-şi câştige renumele de excentric. Când şeriful din Georgenthal era întrebat câţi pacienţi a avut Hahnemann în azilul lui răspundea: "Doar unul, el însuşi !".

1790 este anul în care Hahnemann face primul experiment pe propria lui persoană, experiment care l-a condus la descoperirea (sau mai corect redescoperirea dar cu punerea sa într-o nouă lumină) a principiului similarităţii. Ideea i-a venit când traducea Materia Medica a lui Cullen, profesor de medicină la Universitatea din Edinburg. În lucrarea sa, Cullen consacra 20 de pagini indicaţiilor terapeutice ale scoarţei arborelui de Cincona (din care mai târziu se va izola chinina) şi considera că succesul acesteia în tratamentul malariei se datora faptului că substanţa este amară ! Explicaţia nu l-a satisfăcut pe Hahnemann ci l-a determinat să o testeze pe el însuşi pentru a vedea ce efecte are; el povesteşte:

 
"Am luat, pentru a face experienţa, de două ori pe zi, 4 drahme ** de China. Picioarele, extremităţile degetelor etc. au devenit curând reci. Mă simţeam slăbit şi somnolent; în continuare inima a început să aibă palpitaţii şi pulsul a devenit dur, o anxietate intolerabilă, tremurături şi o slăbiciune a tuturor membrelor au apărut. Apoi bătăi în cap, roşeaţa obrajilor, sete, pe scurt toate simptomele caracteristice febrei intermitente şi-au făcut apariţia unul după altul exceptând frisonul particular al accesului de febră. Pe scurt, chiar şi acele simptome care apar de obicei şi sunt caracteristice cum ar fi obnubilarea, rigiditatea membrelor dar mai ales acea senzaţie penibilă de amorţeală părând a avea sediul la nivelul periostului tuturor oaselor din corp, toate aceste simptome au aparut. Aceste paroxisme au durat în jur de 2-3 ore şi nu s-au repetat decât când am mai luat o nouă doză, nu altfel. În final m-am regăsit într-o bună stare de sănătate."

[ ** 1 drahmă = 4 grame ]

Astfel, în mintea lui Hahnemann a încolţit ideea că o substanţă capabilă să producă anumite simptome la un individ sănătos poate eradica simptomele similare ale unui individ suferind. Ceea ce nu este altceva decât principiul de baza al homeopatiei, "Similia Similibus Curantur". O altă consecinţă importantă a acestei întâmplări este realizarea necesităţii de a face experimente pe subiecţi umani sănătoşi, omul fiind de fapt beneficiarul oricarei terapii.

Urmează ani lungi de experimente şi căutari şi de-abia în 1796 Hahnemann publică o lucrare mai degrabă teoretică neavând încă posibilitatea de a testa tratamentul pe bolnavi. Procedura sistematică de a testa efectele unor substanţe pe indivizi sănătoşi şi de a înregistra simptomele care apar a primit numele de "proving" (din engleză "to prove" = a demonstra şi germană "Prufung" = a testa, a investiga). Primele proving-uri au fost realizate de Hahnemann, familia şi prietenii săi. El însuşi a testat aproape o sută de substanţe până la sfârşitul vieţii aceasta neavând nicidecum efecte negative asupra sănătăţii ci ajutându-l, probabil, să-şi păstreze luciditatea mentală până în ultimele clipe; de altfel ultima ediţie, a şasea, a "Organon"-ului a definitivat-o în ultimii ani ai vieţii.