În 1805 Hahnemann se stabileşte la Torgau unde stă aproape 7 ani. Se pare că aici a început să practice medicina conform sistemului său. Situaţia financiară ameliorându-se, el s-a putut concentra mai mult asupra propriilor scrieri. Apar mai multe articole, cel mai important fiind cel din 1806 intitulat "Medicina experimentală" publicat în "Jurnalul de medicină practică" editat de Hufeland. Acesta era un medic renumit şi, deşi nu a împărtăşit ideile lui Hahnemann, a fost interesat de ele. Ideile principale ale acestui articol oferă deja o idee generală despre principiile şi practica homeopatiei:

- medicamentele trebuie alese numai în funcţie de simptomele pacientului;
- efectele medicamentelor pot fi cunoscute doar prin experimente pe oameni sănătoşi altfel nu se pot distinge simptomele bolii de cele ale remediului respectiv;
- alegerea remediului trebuie facută funcţie de principiul similarităţii;
- doza administrată este unică şi dintr-un singur remediu;
- dozele administrate sunt mici pentru a evita agravările;
- repetarea dozei se face funcţie de evoluţia simptomelor pacientului.

Punerea în practică a acestor principii, atât de diferite de cele ale medicinei ortodoxe ale acelui timp, i-au adus faima lui Hahnemann. În 1799 el publicase deja istoria unui caz de scarlatină tratat cu Belladonna. După exemplul său mai mulţi medici germani au folosit acest remediu în scop profilactic şi curativ; din 3747 de pacienţi menţionaţi într-un articol doar 91 au decedat. În 1812 în timpul razboiului cu Rusia, Hahnemann a tratat 180 cazuri de febră tifoidă din care unul singur a murit. În 1831 propune folosirea camforului contra epidemiei de holeră care a bântuit Europa de est. Unul din elevii săi din Leipzig a tratat 150 de cazuri având doar 6 decese în timp ce din 1500 de pacienţi trataţi alopatic au murit 821. Acestea sunt doar cateva exemple care-l îndreptăţesc pe Cleave să scrie în "Enciclopedia biografică a doctorilor şi chirurgilor homeopaţi" în 1873 despre Hahnemann:

 
"Şi-a petrecut întreaga viaţă, după vârsta de 45 de ani, într-o extremă dăruire de sine, cedând totul, refuzându-şi totul pentru cauza umanităţii... Unii doctori îşi otrăvesc pacienţii prin experimente în interesul ştiinţei, dar Hahnemann s-a otrăvit pe sine pentru a-şi perfecta sistemul pe care îl promova. A lăsat înregistrarea a nu mai puţin de 106 substanţe pe care le-a experimentat pe el însuşi".

Anii petrecuţi la Torgau au fost prolifici pentru Hahnemann. A publicat o carte de farmacologie în care descrie 27 de remedii al căror proving a fost realizat de el şi elevii săi apropiaţi. Dintre acestea, Aconitum, Arnica, Belladonna, Chamomilla, Nux-vomica, Pulsatilla (printre altele) sunt şi astăzi larg folosite de homeopaţi. În 1810 Hahnemann publică "Organonul vindecării raţionale" care mai târziu va primi titlul "Organonul artei de a vindeca". Aici este expusă esenţa doctrinei homeopate în 291 de paragrafe. De-a lungul anilor Hahnemann a îmbunătăţit textul scriind în total 6 ediţii ale lucrării; ultima a fost publicată mult timp după moartea sa, în anul 1922, astfel că marii homeopaţi ai sec. XIX nu au avut acces la ea. Interesul stârnit în rândul medicilor de Organon nu a fost foarte mare, atenţia generală fiind captată de războaiele lui Napoleon din acea vreme.

Tot războiul a fost şi cauza pentru care Hahnenann se mută la Leipzig în 1811. Aici încearcă să fondeze un institut de studiu al homeopatiei pentru absolvenţii facultăţilor de medicină. Nimeni însă nu se înscrie astfel încât Hahnemann se mulţumeşte doar să predea nişte cursuri la universitate. Un astfel de pretendent trebuia să susţină o lucrare despre tema cursului în cauza pentru a se stabili dacă este de interes general pentru studenţi sau nu. Cu un tact neobişnuit pentru el Hahnemann a reuşit să evite subiectul discutabil al homeopatiei şi să prezinte o lucrare mai mult de botanică despre remediul Veratrum album. Nu a avut însă succes cu aceste cursuri, mare parte din studenţi fiind interesaţi mai mult de "spectacolul" oferit de Hahnemann. Cu un aspect foarte impunător, îmbrăcat în haine demodate, se aşeza ceremonios la catedră, îşi dregea glasul şi începea să citească paragrafe din Organon. Treptat, se aprindea tot mai mult în comentariile sale şi sfârşea inevitabil prin a critica aspru metodele medicinei ortodoxe şi pe cei care le practicau. Puţini au fost studenţii cu adevărat devotaţi, la aceasta contribuind şi opoziţia permanentă a celorlalţi profesori faţă de teoriile lui Hahnemann.

Timpul petrecut la Leipzig a fost fructuos din alt punct de vedere şi anume acela al proving-urilor. Hahnemann personal a condus cu stricteţe efectuarea lor şi s-a ocupat de înregistrarea simptomelor. Iniţial el a folosit tincturi ale remediilor solubile şi prima diluţie decimală pentru cele insolubile (pe care le considera devenind solubile prin triturare şi sucusionare). Subiecţii trebuiau să ia remediul până la apariţia primelor simptome şi apoi să le noteze cu atenţie în succesiunea în care apăreau.

Aceste date au fost cumulate de Hahnemann în "Materia Medica Pura" care a fost publicată în 6 volume între anii 1811 - 1821. La aceste date experimentale s-au adăugat cele de toxicologie şi de supradozări medicamentoase consemnate în literatura medicală. Totuşi, Materia Medica Pura era greu de utilizat de către practicieni căci Hahnemann a înregistrat simptomele conform unei scheme anatomice de concepţie proprie, informaţiile fiind greu de pus cap la cap pentru a forma un întreg. Cu toate acestea, proving-urile lui Hahnemann constituie o serioasă încercare de investigare ştiinţifică a acţiunii drogurilor asupra omului, pe nedrept desconsiderată de istoria medicinei care-l recunoaşte pe Claude Bernard (care nici măcar nu se născuse la data când Hahnemann a publicat Materia Medica Pura !) drept fondatorul medicinei experimentale. Fără a diminua cu nimic meritul lui Bernard în ceea ce priveste înţelegerea fiziologiei umane, n-ar trebui trecută cu vederea această contribuţie a lui Hahnemann în domeniul experimentelor medicale !

Succesul pe care Hahnemann l-a avut în tratarea bolnavilor i-a atras ostilitatea nu numai din partea medicilor dar şi a farmaciştilor care-şi vedeau practica ameninţată din moment ce medicii homeopaţi îşi preparau singuri remediile. Exista o lege a farmaciilor, cu scopul de a proteja bolnavii de şarlatani, conform căreia reţetele eliberate de medici erau verificate de farmacişti. Doar ei aveau dreptul de a elibera medicamente, rolul lor fiind în acest context la fel de important ca acela al medicilor. Criticile către Hahnemann au mai diminuat când prinţul Schwarzenberg, eroul luptei de la Leipzig împotriva lui Napoleon, a venit special să fie tratat homeopatic. Din nefericire însă, după o perioadă de ameliorare evidentă a stării de sănătate, prinţul a murit iar Hahnemann a trebuit să părăsească oraşul.

Ducele de Anhalt Kothen îi oferă postul de medic al curţii sale în 1821. Deşi rămas singur, departe de discipolii săi din Leipzig, Hahnemann continuă să lucreze şi să-şi perfecţioneze metoda de lucru. El devine cunoscut în toată Europa şi pacienţi din multe ţări apelează acum la el. Aici el publică ediţiile a doua şi a treia din Materia Medica Pura şi următoarele patru ediţii din Organon. În 1827 îi anunţă pe doi din discipolii săi mai vechi, Staph şi Gross, că a descoperit cauza bolilor cronice şi mai multe remedii ce pot fi folosite în acest scop. Aceste date el le publică în "Bolile cronice", lucrare în 5 volume ce va determina mari controverse. Conflictul cu practicanţii medicinei ortodoxe se adâncea treptat şi probabil ar fi putut fi atenuat dacă Hahnemann n-ar fi fost atât de încăpăţânat, excentric şi independent. Nici chiar cu discipolii săi nu s-a purtat mereu cu bunavoinţă. Când Gross a pierdut un copil i-a scris lui Hahnemann că în unele cazuri homeopatia nu se dovedeşte eficientă sau oricum nu e suficientă; pentru aceste afirmaţii Hahnemann nu l-a iertat niciodată. El spunea că aceia care se abat de la linia trasată de el în noul domeniu al vindecării câtuşi de puţin la stânga sau la dreapta sunt nişte trădători şi preferă să nu mai aibă de-a face cu ei.

În 1830 când Hahnemann avea 75 de ani soţia lui moare dar asta nu înseamnă că aventura vieţii lui s-a încheiat aici. Patru ani mai târziu apare în viaţa lui Marie Melanie d'Hervilly, o franţuzoaică de 35 de ani care apelează la Hahnemann pentru o consultaţie. Cunoscută în cele mai bune cercuri sociale şi intelectuale din Franţa şi adeptă a mişcării feministe, Melanie probabil a produs o impresie deosebită asupra lui Hahnemann şi reciproc. Rezultatul a fost căsătoria lor în ianuarie 1835, doar la 3 luni după ce s-au cunoscut, bun prilej pentru inamicii lui Hahnemann să-l ironizeze. În luna iunie pleacă la Paris împreună cu noua lui soţie unde este bine primit, homeopatia fiind deja cunoscută bine aici. Practică aici şi continuă să scrie dând dovadă de o energie uriaşa în ciuda celor aproape 80 de ani ai săi; uneori era chemat la căpătâiul pacienţilor chiar la ore târzii ale nopţii. Melanie se dovedeste un bun elev şi îşi însuşeşte principiile homeopatiei de la maestrul şi soţul ei devenind şi ea o bună practiciană.

Hahnemann se stinge din viaţă la 2 iulie 1843 în vârstă de 88 de ani în deplinătatea facultăţilor mentale. El dealtfel a lucrat până în ultimele zile ale vieţii când a definitivat ediţia a 6-a a Organon-ului în care prezintă o nouă modalitate de preparare şi administrare a remediilor, potenţele LM. De-abia în 1922 Haehl, biograful lui Hahnemann, intră în posesia acestei ultime ediţii şi o publică (însă potenţele LM intră în uzul curent mult mai târziu). Hahnemann a fost înmormântat la Paris.